統計学と疫学と時々、助教生活

疫学を専門とする助教の研究に関する備忘録的ページ。

epidemiology

Rでポアソン回帰分析

今回はRで学ぶデータサイエンスシリーズ『カテゴリカルデータ分析』の第7章ポアソン回帰分析のついてまとめる。 (超基本かと存じます) はじめに ポアソン分布というのは交通事故に代表されるように、その事象が発生する確率が極めて小さい事象に関する分布…

Rでlag effectを探索するときのベクトル生成

今回は気温や湿度、大気中の汚染物質が我々の健康に及ぼす影響について分析する際に用いたいLag effectについてのベクトル生成について記述する。Aというベクトル(1から100までの長さ100のベクトル)に関して過去15日の指標を蓄積したベクトルを作成すると…

IBM Edge2015でのPharmacogeneticsに関するプレゼンテーション

今回はIBM Edge2015でのPharmacogenetics(ゲノム薬理学)による個別化医療に関するScott Megill, CEO of Coriell Life Sciencesのpresentationを紹介する。すぐにご覧頂けるように、動画はこのサイトに埋め込んでおきました。www.youtube.com ご覧できない…

American Statistical Association のp値に関する文言について

はじめに どうもご無沙汰しております。先日までアメリカ(SFOからLA、ヨセミテ国立公園など)に旅行(研究ではなく)しておりましたので、更新できませんでした。今回は2016年3月7日にAmerican Statistical Association (ASA)が発表したp値に関する文書「Th…

R package'nnet'と'MASS'を用いて多項ロジスティック回帰分析を行う

今回はRのパッケージ'nnet'を用いて、多項ロジスティック回帰分析を実施する。 はじめに よく医学の論文で目にするのが「ロジスティック回帰分析」である。このように何も定義していない場合は、結果変数が二値(Yes or No)である二項ロジスティック回帰分…

R package 'ggmap'を用いたマッピング

今回は'ggmap'と呼ばれるパッケージを使用して、愛知県にあるナゴヤドームへの経路(最寄駅(大曽根駅)から)を図示することにする。 1. 早速、パッケージのインストールと読み出す install.packages("ggmap") library(ggmap) 2. 地名で緯度経度をグーグル…

飲酒と遺伝子の関係

今回は飲酒と遺伝子の話。 比較的わかりやすい内容で、数少ない一般の人にも読みやすい記事にしました。 はじめに お酒に「強い」「弱い」ってありますよね。顔が赤くなったり、気持ち悪くなったり、二日酔いになったり、それぞれ個人差があると思いますが、…

R package 'SKAT'を用いて、SKATを実行する

今回はSNP-set Kernel Association Test(SKAT)と呼ばれるrare-variantの解析手法についてRのパッケージ'SKAT'を用いて、解説する。 追記 20160908に新しいSKATの記事を公開しています。基本的にはこのページの内容を参照していただき、さらに詳しいところ…

質的形質の解析手法1-まずは表を書く-

今回は質的な形質をアウトカム(疾患の有無、基準値以上もしくは以下)とするデータの評価方法の第一歩について記述する。例によって、遺伝子多型を利用した解説ではあるが、一般的な質的変数の評価も非常に似ているので、参考にしてほしい。 (なお、今回の…

Rでglmを用いてオッズ比を算出するコマンド

今回はRを用いた場合のオッズ比の求め方を記述しておく。 (オッズ比がで求めることができることを知っていれば、簡単に理解できる。) はじめに 医学研究を行う上で、なんらかの指標で群分けしたグループでのある事象のおこりやすさ(オッズ)を比較するこ…

mach2datのexample dataを動かす方法

今日はimputationされたGWASデータの解析を行うのツールであるmach2datの使用方法について記述する。 (全く分からず情報系の友人に尋ねたところすぐに返事が来て、できるようになった。大変ありがたい限りである。) mach2datとは machによってインピュテー…

Power Programの紹介

今回はsingle marker analysisでのサンプルサイズとパワーアナリシスに有用なNational Cancer Instituteによって開発されたフリーツールを紹介する。This introduction to the Power program, which is a useful tool to calculate smaple size and power fo…

コーヒー摂取と健康(死亡)との関連

今回は一般的な話題であり、多くの人に興味を持ってもらえる「コーヒーと健康」についてまとめる。実際に、数万人規模を対象とした生活習慣と健康との関連を明らかにできるのも「疫学研究」の醍醐味である。 はじめに 以前からコーヒーを飲むことが健康に良…