今回は様々な指標をカラーマップを使用して、地図上に見やすく可視化するコードについてまとめる。 （特別なパッケージとしてはmaptoolsとspsurveyが挙げられる。） 今回は事例として、愛知県の男女の平均寿命を地図上にプロットすることを最終目的とする。 …

今回はGWASのデータ解析のプロセスの中でも最も重要と言っても過言ではないQuality Controlについてまとめる。 米国Vanderbilt大学（生物統計等で著名な大学）のStephan Turnerらが2011年に発表した「Quality Control Procedures for Genome Wide Associatio…

今回はRのqqmanというパッケージの基本的な使い方をまとめる。 【ページ下部に追記あり（20160922）】 概要 現在、ゲノム全体10万から50万ほどのSNPsと疾患との関連を探索するGWASが可能になっている。そこでその結果を可視化する際に用いるのがマンハッタン…

今回は遺伝疫学のトピックの一つである「集団の構造化（population stratification）」についてまとめる。 集団の構造化とは 集団の構造化とは、、、 サンプル集団中に異なる遺伝的背景を持つサンプルが混在している状態をいう。すなわち、人種、民族、地域…