今回は、9月22日の記事に加えて、共変量で調整する（その他の細かい設定もする）GWASについてコマンドを記しておく。
jojoshin.hatenablog.com
最も簡単なコマンド
plink --bfile データ名 --assoc --out アウトプットするデータ名
共変量を加えたロジスティック回帰分析（additive modelを仮定しています）
plink --bfile データ名 --logistic --covar 共変量のファイル名 --out アウトプットするデータ名
共変量を加えたロジスティック回帰分析 + 共変量の結果を隠す + オッズ比の95%信頼区間を出す
plink --bfile データ名 --logistic --covar 共変量のファイル名 --hide-covar --ci 0.95 --out アウトプットするデータ名
ここでは、「--hide-covar」が共変量の結果を隠し、「--ci 0.95」というのが信頼区間を求めるコマンドになっています。
算出される結果は下記の通りである。
1列目【CHR】染色体番号
2列目【SNP】SNP ID
3列目【BP】SNPの場所（塩基対）
4列目【A1】マイナーアレル（全体）の名前
5列目【TEST】case（症例）におけるマイナーアレルの頻度
6列目【NMISS】MISSINGではない人がどれだけ含まれているか（つまり対象人数）
7列目【OR】オッズ比（--linearの場合には、ベータ統計量が出る）
8列目【SE】標準誤差
9列目【L95】下限95%CI
10列目【U95】上限95%CI
11列目【STAT】t統計量
12列目【P】p値
