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疫学と医療統計学と遺伝学と時々、大学院生活

疫学を専門とする大学院生の研究に関する備忘録的ページ。

PLINKで共変量を加えたassociation testを実行する。

今回は、9月22日の記事に加えて、共変量で調整する(その他の細かい設定もする)GWASについてコマンドを記しておく。
jojoshin.hatenablog.com

最も簡単なコマンド

plink --bfile データ名 --assoc --out アウトプットするデータ名

共変量を加えたロジスティック回帰分析(additive modelを仮定しています)

plink --bfile データ名 --logistic --covar 共変量のファイル名 --out アウトプットするデータ名

共変量を加えたロジスティック回帰分析 + 共変量の結果を隠す + オッズ比の95%信頼区間を出す

plink --bfile データ名 --logistic --covar 共変量のファイル名 --hide-covar --ci 0.95 --out アウトプットするデータ名

ここでは、「--hide-covar」が共変量の結果を隠し、「--ci 0.95」というのが信頼区間を求めるコマンドになっています。

算出される結果は下記の通りである。
1列目【CHR】染色体番号
2列目【SNP】SNP ID
3列目【BP】SNPの場所(塩基対)
4列目【A1】マイナーアレル(全体)の名前
5列目【TEST】case(症例)におけるマイナーアレルの頻度
6列目【NMISS】MISSINGではない人がどれだけ含まれているか(つまり対象人数)
7列目【OR】オッズ比(--linearの場合には、ベータ統計量が出る)
8列目【SE】標準誤差
9列目【L95】下限95%CI
10列目【U95】上限95%CI
11列目【STAT】t統計量
12列目【P】p値