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疫学と医療統計学と遺伝学と時々、大学院生活

疫学を専門とする大学院生の研究に関する備忘録的ページ。

mach2datのアウトプット vol.1

今日は以前のエントリで解説したインピュテーションされたGWASデータ(調整項目を指定したロジスティック回帰)を解析するmach2datによって出力されるデータの解釈について、記述する。(確か、前回はREAD ME読んでくださいとか言って、解説をしていませんでした)
jojoshin.hatenablog.com

1. 出力結果

mach2datのsampleに対して、コマンドを実行すると下記の出力が得られる。
f:id:ryosukefujii0320:20160601153902p:plain

2. ”INFORMATION FROM. info FILE"(結果の左半分)

この部分には入力のところで指定したinfoファイルについてのデータサマリーがされている。
MARKER: SNPのID
ALLELES: Al1(referenceアレル)とAl2
FREQ1: Al1の頻度
RSQR R2(imputationの質、0.3以下のSNPは除外の基準としても良い)

3. ”Disease Association"(結果の右部分)

EFFECT1: Al1の効果(負の係数を得た場合、Al1は保護的な作用を示す)
OR: オッズ比
STERR: 上記のEFFECT1の標準誤差
WALDCHISQ: waldの検定統計量
PVALUE: waldのp値
LRCHISQ: 尤度比検定の統計量
LEPVAL: 尤度比検定のp値

次回はmach2datの入力ファイルやvcfファイルに関してまとめる。

20160601
RF