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疫学と医療統計学と遺伝学と時々、大学院生活

疫学を専門とする大学院生の研究に関する備忘録的ページ。

mach2datのexample dataを動かす方法

epidemiology Genetic epidemiology GWAS imputation

今日はimputationされたGWASデータの解析を行うのツールであるmach2datの使用方法について記述する。
(全く分からず情報系の友人に尋ねたところすぐに返事が来て、できるようになった。大変ありがたい限りである。)

mach2datとは

machによってインピュテーションされたGWASデータの解析に使用するツールである。連続量のアウトカムは'mach2qtl'というツールを使用することが望ましい。ちなみに、mach2qtlとmach2datはどちらもLinuxWindowsバージョンがある。これらのfree toolはYu Liらのグループのhomepageにてダウンロードすることができる(http://www.unc.edu/~yunmli/software.html)。

本題(今回はmach2datのwindows verにて実施する)

インストールを済ませた後、zipファイルを解凍した状態にする。(例えば、「ダウンロード」に置いておくとする。)
おそらく、「mach2dat.v119.win32」というフォルダ名になっている。

1. コマンドプロンプトを開く。
2. 次に指定のフォルダまで移動する。

 cd Downloads¥mach2dat.v119.win32

3. 「mach2dat.v119.win32」内の「README」(デモ用の解説書)というテキストファイルを開く。
ここには共変量によって調整したロジスティック回帰分析を行うコマンドが書かれている。

4. 上述のサンプルコマンドを入力する。

executables¥mach2dat -d examples¥pheno.dat.gz -p examples¥pheno.ped.gz -i examples¥sample.mlinfo.gz -g examples¥sample.mldose.gz

以上

結果

出力された結果は、20160601の記事に書かれている項目を参照すること。
jojoshin.hatenablog.com

まとめ

今後はmach2datおよびmach2qtlを中心に勉強し、GWASのデータ解析に役立てる方針である。


20160201
RF