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疫学と医療統計学と遺伝学と時々、大学院生活

疫学を専門とする大学院生の研究に関する備忘録的ページ。

PLINK

R bioconductor"snpStats"を使用した、PLINKフォーマットのデータからRのデータに変換する

今回は、PLINK特有のファイルフォーマットである.bed、.bim、.famからRでの処理に適した形式に変換するbioconductorのsnpStatsというパッケージについて説明する。PLINKでの解析については、過去の記事1, 2をご参考にして頂きたい。今回使用するデータはこの…

PLINKで共変量を加えたassociation testを実行する。

今回は、9月22日の記事に加えて、共変量で調整する(その他の細かい設定もする)GWASについてコマンドを記しておく。 jojoshin.hatenablog.com 最も簡単なコマンド plink --bfile データ名 --assoc --out アウトプットするデータ名 共変量を加えたロジスティ…

PLINKでGWAS(basicなcase/control study)をするコマンド

今回はPLINKで典型的なSinge-SNP GWAS(アレルベースのカイ2乗検定)を実施する。元々、plinkが使えるディレクトリ内にbim,bed,famファイルが生成されていることが前提条件である。その他の方法についてはまた別の機会に書くことにする。 コマンド plink --b…